先后于1998年和2007年创建的城镇职工医保、城镇居民医保，目前由人社部统管；2003年启动的新农合，则由原本的卫生部(现为国家公共卫生与委员会)统管。由于分属有所不同部门，城镇居民医保和新农合在筹资水平、确保水平等方面都不存在差异，这种以城乡二元结构为基础的医保制度，弊端也更加显著。
部门共管，更容易构成资源竞争，造成反复参保的情况经常出现，导致财政补贴浪费。《国务院机构改革和职能改变方案》明确提出，将城镇职工、城镇居民医保及新农合的职责“统合由一个部门分担”。 达到当天最大量API KEY 超过次数限制-英雄联盟竞猜平台。
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